一，神御厅，司职秘理院内的居中协调理，集中理文件和人事，无下辖分，人员全为总成员，但是分中会有专员驻留；

姜榆罔最终选择了莽古堡的一偏僻的角落作为秘理院的驻地，周围还尚未住人，姜榆罔也不打算允许这周围住满人，最多不过是安排一些内成员住下，帮助作为伪装。

总的组长相当于分的教导。

队级以下，为组级，也是秘理院最基层结构，设一名组长，一名副组长。组长的任命由所属的队给方案，神御厅决定。副组长则是由组长选任。

天上厅同样没有下辖的分，人员平时分散驻扎于特定地，又在需要时在特殊地汇合，而神御厅负责在各个厅和分间的信息通知工作。

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这结构的设计，避免了掌握秘密行动权的秘理院可以自主行太多的行动，重要的行动都要经过神御厅理，由姜榆罔知悉决定后，再由天上厅实际行动，实际掌握最多信息的圣下厅和守观厅并没有行动权。

四，天上厅：司职战斗相关的秘密行动与实际执行，圣下厅和守观厅只有情报收集理的权力，但天上厅拥有据情报行实际行动的权力。无论是对于内犯事者的抓捕，还是对外的特殊行动，都是由天上厅负责。

三，守观厅：司职对外的侦查与情报收集工作，理同样事务的分，而因为分大多为收取对外情报，所以守观厅理的人是最多的

只有秘理院，姜榆罔建立了绝对的权威，在这里，他就像主人，也是因此得名为：“密军的主人”，简称就是“军主”。

简单地说，就是现在，无论是一直直接理姜榆罔的指挥使，还是名义上作为姜榆罔上司的千，都无法真正调动莽古堡的队为己所用。

分级以下为队级，称为“队长”，一般负责实际的事务理，是一线事务领导。总的队长与分的“候补秘书”同级，分的队长则要低一级。

每个“厅”的负责人的官职称为“秘书长”，寓意为姜榆罔的助手，真正权力掌握于姜榆罔手中，每一名秘书有三位副手，称为“候补秘书长”，秘书长的继任者就从三人中选。

。总以莽古堡的秘理院驻地为中心，而分在整条莽古山，以及孟养城西南一带活动。

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姜榆罔对于这个称呼也是哭笑不得，他没有去追究到底是谁想来了这个名字，而是默默地接受了。毕竟相对“百”这古老的称呼，有一个新的名字不一定是坏事。

以分组员为1级成员，分副组长为2级，分教导为3级，分队长为4级，分候补秘书为5级，分秘书为6级，候补秘书长为7级，秘书长为8级，最终姜榆罔为唯一的9级。厅以下，总的所有职务分一级。

而各个“厅”以下，除了没有分的天上厅和神御厅，就是各自辖的分，分的负责人称为“秘书”，每人有两位副手，即为“候补秘书”。候补秘书将会是秘书的继任人之一。

队长设一名副手，称为“教导”，负责帮助队长理事务，同样是队长的继任人之一。无论是分的长官“秘书”，还是队的“队长”，除了副手可以称为继任者之外，还可以选择其他人来担任，人事的讨论由神御厅负责。

四名副院使全驻扎在总，分别负责理四个“厅”：

而两名的秘理院接引守护在院落外，他们虽然不像普通的站岗那样有气势，而是看上去有些懒散地坐在竹椅上乘凉，但是锐的目光表示来了他们肩负着比普通的站岗卫士更多的守卫任务。

整个秘理院中，最低级的成员称为接引，这个名称一方面调秘理院的特殊，另一方面也是一重代号上的伪装。

而厅的负责人“秘书长”，除了姜榆罔直接任命的情况之外，就只有从三名副手中选。

这也一定程度上代表着他对于莽古堡势力的控制力，这里虽然领着，用着大量来自孟养城输送的资，但是真正的权威被逐渐集中到了姜榆罔上，而不是局限于明军的象领导概念。

以一人完全掌握秘理院的姜榆罔，与其他各院都多少有一些不同。神狩院因为与军队的联系，而自然参与到了莽古堡推行的军队民主之中去，各个工匠门本内就要围绕技术不断展开讨论，而所有各院除了相对独立的秘理院，都要在枢机院行。

能实现这一，离不开姜榆罔长期以来不断行的，对莽古堡的特殊编制变革，而秘理院的建立，一分也是为了防止手下现和自己一样的人。

二，圣下厅，司职监督其他各院和秘理院内事务，收集情报，理负责同样事务的分；